2008年4月14日，科技部、财政部和国家税务总局联合发布《高新技术企业认定管理办法》（以下简称《办法》），对依法享受税收优惠的高新技术企业作出了明确界定。江苏省科技厅、财政厅、国税局、地税局在第一时间联合转发新的认定办法，并成立了省高新技术企业认定管理工作协调小组，着手组织申报2008年度第一批高新技术企业。至此，备受关注的高新技术企业认定工作终于开始启动，高新技术企业低税率的优惠政策将进入实际落实阶段。
《办法》 明确六大认定条件
《办法》称，高新技术企业是指在《国家重点支持的高新技术领域》内，持续进行研究开发与技术成果转化，形成企业核心自主知识产权，并以此为基础开展经营活动，在中国境内（不包括港、澳、台地区）注册一年以上的居民企业。
         根据《办法》，科技部、财政部、国家税务总局将组成全国高新技术企业认定管理工作领导小组，同时规定了高新技术企业认定须同时满足6个条件：一是企业近三年内通过自主研发、受让、受赠、并购等方式，或通过5年以上的独占许可方式，对其主要产品（服务）的核心技术拥有自主知识产权；二是产品（服务）属于《国家重点支持的高新技术领域》规定的范围；三是具有大学专科以上学历的科技人员占企业当年职工总数的30％以上，其中研发人员占企业当年职工总数的10％以上；四是企业持续进行研发活动，且近三个会计年度的研发费用总额占销售收入总额的比例符合一定要求，跟销售收入挂钩，包括最近一年销售收入小于5000万元的企业比例不低于6％，年销售收入5000万至20000万的比例不低于4％，年销售收入20000万以上的比例不低于3％；五是高新技术产品（服务）收入占企业当年总收入的60％以上；六是企业研究开发组织管理水平、科技成果转化能力、自主知识产权数量、销售与总资产成长性等指标符合《高新技术企业认定管理工作指引》（另行制定）的要求。
八大领域获国家重点支持
过去高新技术企业主要依据产品来确定，而《办法》则扩大到服务，要求产品（服务）属于《国家重点支持的高新技术领域》规定的范围，详细列举了八大项国家重点支持的高新技术领域，细化到每类技术项目，并且有具体要求描述。这八大领域包括电子信息技术、生物与新医药技术、航空航天技术、新材料技术、高技术服务业、新能源及节能技术、资源与环境技术、高新技术改造传统产业。其中将高技术服务业和高新技术改造传统产业纳入高新技术企业领域，更是一大突破，说明了国家扶持高新技术企业的决心。
　 四道认定程序
　　高新技术企业认定要经过以下四道程序：一是企业自我评价及申请。企业登录“高新技术企业认定管理工作网”，对照规定条件，进行自我评价。符合条件的可向认定机构提出申请。二是提交规定的申请材料。包括：1. 高新技术企业认定申请书；2. 企业营业执照副本、税务登记证（复印件）；3. 知识产权证书（独占许可合同）、生产批文，新产品或新技术证明（查新）材料、产品质量检验报告、省级以上科技计划立项证明，以及其他相关证明材料；4. 企业职工人数、学历结构以及研发人员占企业职工的比例说明；5. 经具有资质的中介机构鉴证的企业近三个会计年度研究开发费用情况表，并附研发活动说明材料；6. 经具有资质的中介机构鉴证的企业近三个会计年度的财务报表以及技术性收入的情况表。三是合规性审查。认定机构建立高新认定评审专家库；依据企业的申请材料，抽取专家库内专家对申报企业进行审查，提出认定意见。四是认定、公示与备案。认定机构对企业进行认定。经认定的高新技术企业在“高新技术企业认定管理工作网”上公示15个工作日，没有异议的，报送领导小组办公室备案，在“高新技术企业认定管理工作网”上公告认定结果，并颁发“高新技术企业证书”。
统一明确惩罚措施
已认定的高新企业存在 “（一）在申请认定过程中提供虚假信息的；（二）有偷、骗税等行为的；（三）发生重大安全、质量事故的；（四）有环境等违法、违规行为，受到有关部门处罚的”之一的，取消企业的高新技术企业认定资格，并在五年之内不再受理该企业的认定申请。
此外，《办法》旨在明确企业所得税“两税合并“后，获得税收优惠政策的高新技术企业认定的具体门槛，从而更好扶持和鼓励高新技术企业的发展。而旧的两个认定办法--1996年发布的《国家高新技术产业开发区外高新技术企业认定条件和办法》和2000年发布的《国家级高新技术产业开发区高新技术企业认定条件和办法》将停止执行。