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2008年5月8日，国家税务总局下发了《关于车船税征管若干问题的通知》（国税发〔2008〕48号）（以下简称《通知》），对缴纳车船税过程中遇到的问题给予了进一步明确。
一、在非车辆登记地由保险机构代缴车船税可不用再到登记地缴税
《通知》规定 ，在一个纳税年度内，纳税人在非车辆登记地由保险机构代收代缴机动车车船税，且能够提供合法有效完税证明的，纳税人不再向车辆登记地的地方税务机关缴纳机动车车船税。
二、所有权或管理权发生变更的车船征收车船税问题
在实际生活中，车辆所有权转让行为较普遍，据了解，此前，对于车船所有权或管理权发生变更后车船税如何缴纳并没有明确规定。在实际征收中，由于车辆所有权转让行为较普遍，税务机关、所有权出让方以及所有权承受方之间经常产生争议。对于已完税的车船变更所有权或管理权的，若税务机关向所有权出让方退税，就需同时要求所有权承受方补缴同等数额的税款，；而对于未完税的车船变更所有权，若所有权承受方只缴纳所有权变更后至该纳税年度终了期间的税款，由于税务机关难以查找到所有权出让方，将造成税款流失。此次，《通知》明确，“在一个纳税年度内，已经缴纳车船税的车船变更所有权或管理权的，地方税务机关对原车船所有人或管理人不予办理退税手续，对现车船所有人或管理人也不再征收当年度的税款；未缴纳车船税的车船变更所有权或管理权的，由现车船所有人或管理人缴纳该纳税年度的车船税。”此规定解决了上述问题，避免了增加征纳双方成本。
三、未在车辆管理部门登记的新购置车辆办理减免税手续问题
此次，《通知》明确了凡属于应减免税的新购置车辆，车辆所有人或管理人可提出减免税申请，并提供机构或个人身份证明文件和车辆权属证明文件以及地方税务机关要求的其他相关资料。经税务机关审验符合车船税减免条件的，税务机关可为纳税人出具该纳税年度的减免税证明，以方便纳税人购买机动车交通事故责任强制保险。而对于新购置应予减免税的车辆所有人或管理人在购买机动车交通事故责任强制保险时已缴纳车船税的，《通知》规定其在办理车辆登记手续后可向税务机关提出减免税申请，经税务机关审验符合车船税减免税条件的，税务机关应退还纳税人多缴的税款。这也保护了纳税人的合法权益。
同时本《通知》还对微型客车的标准问题和部分车辆计税依据的核定问题做出了相应的细致规定。
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