房屋买卖合同生效与房产权属变更登记是两回事，房屋买卖合同有效而房产权属并不必然发生物权上的变更。同样道理，质押合同生效与质权设立也是不同的两码事，不能将二者混淆。从物权行为理论来看，质押合同是物权变动的起因，质权设定则是物权变动的结果，原因应当与结果相分离；从目的来看，质押合同重在明确出质人和质权人的权利义务，质权设定则重在增强公信效力，确立质权人对抗第三人的优先权，质押合同生效不等于股权完成设质。

物权法显然是有意将质权设立与质押合同生效区分开来。该法第二百二十六条明确规定出质权设立的时间，即“以证券登记结算机构登记的股权出质的，质权自证券登记结算机构办理出质登记时设立；以其他股权出质的，质权自工商行政管理部门办理出质登记时设立”。但问题并没有解决，因为综合担保法、《解释》和物权法的规定来看，以上市公司的股份出质的，质押合同生效与质权设立的时间是一致的，即以“证券登记结算机构办理出质登记”为准；以非上市公司的股份出质的，质押合同生效与质权设立的时间是不一致的，前者是“自股份出质记载于股东名册之日”，后者是“自工商行政管理部门办理出质登记时”。因此，物权法第二百二十六条仅改变了非上市股权的质权设立的条件和时间，并不改变担保法有关质押合同生效的规定。也就是说，《解释》第一百零三条关于非上市股权的质押合同“自股份出质记载于股东名册之日”的规定依然有效。

实践中，非上市股权质押有可能已“记载于股东名册”而未在“工商行政管理部门办理出质登记”，或者已在“工商行政管理部门办理出质登记”而未“记载于股东名册”。前者导致质权未能设立，从而使质权人无法以优先受偿权对抗第三人；后者则可能导致质押合同存在效力缺陷，致使质权设立的基础存在重大瑕疵。这是立法需进一步完善之处，也无疑应引起质权人的足够重视。